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二十五天!我国率先完成草地贪夜蛾染色体基因组测序和组装

时间:2019-06-19
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  从虫卵到成虫,20天左右就完成一个世代。迁飞速率快、繁殖力强、食量特殊大是入侵物种草地贪夜蛾的“标签”。这种“幺蛾子”取食玉米、水稻、高粱等186莳植物,危害甚深。从本年1月在西南方陲普洱江城发明,半年已往,其子子孙孙已飞抵东北三省,横扫中国版图对角线。

  5月中旬,一场与飞行速率争抢时间的科学研究也在接力举行。仅用25天,从害虫采样到论文颁发,我国初次在环球完成对这种外来入侵者染色体级别的基因测序与组装。

  “草地贪夜蛾基因组的解读和深条理答复,对进一步研究其亚型、耐药性和恒久防控具有紧张意义。”中国科学院院士、华大基因学院院长杨焕明18日在昆明表现,入侵生物的耐毒性与遗传机制、确定入侵中国的样本范例、迁飞门路、基因防备技能、杂食性遗传机制等研究与应用,都离不开高质量参考基因组。

  华大生命科学研究院数字化地球研究所副所长刘欢先容,从5月21日13:00接到使命指令到接洽好采样,他们仅用时30分钟;两个小时后,确定了项目实行方案和样原来源。越日,他们在广州采到了样本,同时来亲身云南的样本送达深圳,当天就动手DNA提取等事情;第5天,就实现stLFR测序数据下机、5K大片断和WGS上机测序以及转录组上机;第10天,完成了物种判定和第一版牝牡两个基因组组装;第15天,转录组数据下机,完成组装补洞和开始基因组解释;第25天——6月15日,公布两个染色体程度的基因组,确定侵入我国草地贪夜蛾亚型和大概泉源,文章正式在BioRxiv颁发。

  “人类基因组测序六个国度到场、花了十年时间;其他物种的组装研究阐发通常到达1年,算是快的。草地贪夜蛾的入侵,吹响了科研办事国度的军号,也让我们创造了亘古未有的速率。”刘欢说。

  在杨焕明院士向导下,云南农业大学、华大基因、中国科学院动物研究所、中国农业科学院等通力协作,动用了全部资源,与海内各省区以及美国样本互动,产出了1.5Tb的基因组测序原始数据,现在完成了1雌1雄2个染色体程度的基因组组装,两个基因组组装巨细分别到达了542.42M和530.77M。

  “无论是基因组完备性照旧基因集的完备性都凌驾了现在已有版本。”刘欢说,研究中通过基因解释共发明了12516个基因家属。通过与8个近缘鳞翅目物种举行比力基因组学阐发,发明了多个扩张基因家属,此中有两个严峻扩张,这意味着其在某些方面功效非常强,这或将为草地贪夜蛾的高度杂食性、抗药性研究打下底子。研究职员通过对草地贪夜蛾亚型阐发表明中国种群有玉米型(C型)和杂合水稻型(R型)两种范例,确定有非洲入侵,不清除其他地域入侵。值得一提的是,项目组所利用的stLFR和Hi-C技能均为亲身主研发技能,到达了国际领先程度。

  “这是一个涉及生态、民生、粮食宁静以致伦理等的科学课题,表现了到场科研机构和职员的继承,以及科学与互助的精力。后续事情要尽快做、只管做!”杨焕明院士说。

  与此同时,云南农业大学桂富荣传授等开展了草地贪夜蛾的灾变机理及控制研究,陈斌传授等则围绕生物多样性控制生物灾难睁开研究,均取得开端希望。现在,基因组数据已上传国度基因库的中国核酸序列归档体系(CNSA)数据平台,供全天下研究者公然下载利用。将来,项目组还将进一步开展耐毒性、转录组等方面的研究。

(文章泉源:科技日报)

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